• Avaliação de Tecnologias em Saúde (ATS)

• Núcleo de Análise e Projetos de Avaliação de Tecnologias de Saúde

• Núcleo de Fomento e Gestão de Tecnologias de Saúde

• Núcleo de Recursos Humanos

• Núcleo de Práticas em Saúde

• Núcleo de Serviços e Sistemas de Saúde

• Biblioteca

• Núcleo de Comunicação Técnico- Científica

• Núcleo de Suprimentos e Gestão de Contratos

• Núcleo de Administração Patrimonial e Atividades Complementares

• Núcleo de Tecnologia da Informação

• Núcleo de Formação e Desenvolvimento Profissional

• Núcleo de Finanças

• Núcleo de Evidências (NEv-IS)

• Núcleo de Inovação Tecnológica