O Instituto de Saúde possui órgãos colegiados de caráter consultivo e deliberativo, a saber:

Conselho de Gestão

O Conselho de Gestão tem caráter deliberativo e permanente, acompanhando os serviços prestados pelo IS sugerindo prioridades e metas de ação que orientem a elaboração do planejamento anual, a execução das prioridades, a avaliação e a aprovação da proposta orçamentária, entre outras atribuições. O conselho se reúne mensalmente e é formado por diretores de Centros e Núcleos que compõem a estrutura organizacional.

Comitê de Ética em Pesquisa

O Comitê de Ética em Pesquisa do IS (CEPIS) tem caráter multiprofissional e interdisciplinar, contando com dez membros efetivos e dois suplentes, sendo nove membros pertencentes ao Instituto de Saúde e três membros externos à Instituição, sendo um deles representante de usuários. As reuniões acontecem mensalmente.

Comissão Científica

A Comissão Científica é formada pelos líderes e vice lideres dos grupos de pesquisa do IS e diretoria do CPD/SUS como secretaria. 

Conselho Editorial

A composição do Conselho Editorial contempla as diversas áreas do Instituto de Saúde e representantes da
comunidade científica, sobretudo aquelas relacionadas ao campo da Saúde Coletiva. Buscando qualificar as publicações realizadas pelo IS, a Comissão Editorial realizou modificações nos processos de avaliação dos artigos publicados no Boletim do Instituto de Saúde (BIS).

Colegiados e Comissões Externas

O Instituto de Saúde, por meio de seu quadro técnico, também participa dos seguintes colegiados e
comissões externas:

 

•  Conselho Estadual de Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde, do qual é membro e contribuiu para a construção

da agenda de pesquisa;

 

• Câmara Técnica de Financiamento do Conselho Estadual de Saúde, subsidiando as discussões das questões pautadas por meio do conhecimento produzido por pesquisas e estudos realizados no Instituto, bem como neste campo específico de conhecimento científico-tecnológico;

• Comitê Técnico de Saúde da População Negra do Estado de São Paulo;

 

• Coordenadoria de Controle de Doenças, por meio de representações nos Comitês de: Mortalidade Materna e Infantil, Promoção da Alimentação Saudável e Sistema de Informação de Mortalidade / Sistemas de Informações de Nascidos Vivos;
•  Coordenadoria de Planejamento em Saúde, por meio de projetos em parceria com as áreas de Bucal, População Negra e Saúde do Idoso;

•  Comissão de Comunicação e Informação do Conselho Estadual de Saúde.