No processo de reestruturação do IS os pesquisadores se organizaram em novos grupos de pesquisa visando a articulação entre diferentes linhas e a adequação à sua nova organização. Em 2010 foram certificados junto ao CNPq grupos e 17 linhas de pesquisa, conforme listado abaixo:

1 - Condições de vida e Situação de saúde

• Condições de vida e vulnerabilidade

• Integralidade, equidade e acesso em saúde.

• Métodos de amostragem e inquéritos epidemiológicos

2 - Memória e Saúde História das doenças, dos doentes e da morte

• História das políticas institucionais da Saúde

3 - Pesquisa em Serviços e Sistemas de Saúde Avaliação em Saúde

• Políticas Públicas e Sistemas de Saúde

4 - Políticas e Práticas de Saúde

• Atenção à Saúde e Linhas de Cuidado

• Avaliação de Tecnologias em Saúde

• Envelhecimento

• Nutrição e Aleitamento Materno

5 - Processos educativos em saúde

• Processos Educativos em Saúde

6 - Saúde da Mulher e da Criança

• Aleitamento materno

• Morbimortalidade feminina, materna e infantil

• Saúde reprodutiva, sexualidade, gênero

7 - Saúde da População Negra e Indígena

• Raça/etnia, gênero e saúde