O Instituto de Saúde possui órgãos colegiados de caráter consultivo e deliberativo, a saber:

Conselho de Gestão

O Conselho de Gestão tem caráter deliberativo e permanente, acompanhando os serviços prestados pelo IS sugerindo prioridades e metas de ação que orientem a elaboração do planejamento anual, a execução das prioridades, a avaliação e a aprovação da proposta orçamentária, entre outras atribuições. O conselho se reúne mensalmente e é formado por diretores de Centros e Núcleos que compõem a estrutura organizacional.

Comitê de Ética em Pesquisa

O Comitê de Ética em Pesquisa do IS (CEPIS) tem caráter multiprofissional e interdisciplinar, contando com dez membros efetivos e dois suplentes, sendo nove membros pertencentes ao Instituto de Saúde e três membros externos à Instituição, sendo um deles representante de usuários. As reuniões acontecem mensalmente.

Comissão Científica

A Comissão Científica é formada pelos líderes e vice lideres dos grupos de pesquisa do IS e diretoria do CPD/SUS como secretaria. 

Conselho Editorial

A composição do Conselho Editorial contempla as diversas áreas do Instituto de Saúde e representantes da comunidade científica, sobretudo aquelas relacionadas ao campo da Saúde Coletiva. Buscando qualificar as publicações realizadas pelo IS, a Comissão Editorial realizou modificações nos processos de avaliação dos artigos publicados no Boletim do Instituto de Saúde (BIS).